Początki miasta sięgają XIII wieku. W tym czasie słowiańska osada położona wzdłuż Szlaku Żytawskiego zaczęła zmieniać się w miasto. Jednak pierwsze wyraźne dowody na istnienie miasta pochodzą z 1337 roku.

Dzięki rozwojowi produkcji rzemieślniczej wokół śródmieścia wyrosły niezwykle rozwinięte przedmieścia. W XVIII wieku Česká Lípa była jednym z najludniejszych czeskich miast i zaczęły tu powstawać manufaktury włókiennicze. W tym czasie Czeska Lipa słynęła w świecie przede wszystkim z kartuszy, które były manufakturą drukującą tkaniny.

Historyczne centrum miasta zostało uznane za miejską strefę ochrony konserwatorskiej. W ostatnim czasie odrestaurowano tu wiele pięknych domów o niezwykłych fasadach z okresu secesji i empire. Kolumna morowa z Trójcą Świętą autorstwa rzeźbiarza z Zittau Jana Kristiana Ulricha pochodzi z 1681 roku. W XVIII wieku uzupełniono ją o figury patronów prowincji - św. Wacława, św. Wojciecha, św. Jana Nepomucena i św. Floriana - patrona ochrony przeciwpożarowej.